První písemné zmínky o Ratajích nad Sázavou se datují do roku 1156. Ty však stvrzují, že Rataje již existují jako místo hrazené a trhové. O přesném letopočtu vzniku se nedochovaly žádné písemné zprávy. Pravděpodobně to bylo kolem roku 946.

Na místě současného zámku vznikl v pol. 10 stol. hrad zčásti zděný, zčásti srubový. Tento hrad vznikl jako pomezní tvrz kraje zličského. O uvedeném faktu svědčí nálezy bronzových a keramických ozdob z roku 1890, kdy se stavěla silnice kolem zámku.
  
 Rataje byly znovu vybudovány v polovině 13. stol. po velkém požáru. V této době náležely do vlastnictví krále, který je propůjčoval nebo daroval jako léno. Jan Lucemburský daroval Rataje Jindřichu z Lipé. Páni z Lipé také vybudovali spodní hrad zvaný Pirkštejn, který byl do dnešní podoby upraven o 400 let později. V roce 1420 získává Rataje Hynek Ptáček z Lipé a Pirkštejna, nejvyšší hofmistr a mincmistr Království českého, správce měst královských, včetně Kutné Hory. Byl to významný politik doby husitské a rovněž poručník mladého Jiřího z Kunštátu, budoucího krále Jiřího z Poděbrad. Jedná se o nejvýznamnějšího držitele Rataj, který je pochován v rodinné hrobce ratajského kostela.
  
 
Poté prošly Rataje držením mnoha šlechtických rodů. Z významnějších vybereme:
1531 - 1579 Ladislav, syn Václav a vnuk Jan z Malešic - ti zavedli právo a zřízení městské, právo trhové a hrdelní, městský znak, uskutečnili výstavbu renesančního křídla současného zámku. 1656 Vilém František z Talmberka zahájil přestavbu současného zámku, kterou dokončil jeho syn František Maxmilián Leopold. 1772 - 1919 jsou Rataje v držení rodu Lichtensteinů. Ratajský zámek koupila v roce 1933 ratajská obec a umístila tam obecní úřad, poštu, četnickou stanici a hlavně školu.