Polní Voděrady se poprvé připomínají v roce 1088 jako majetek vyšehradské kapituly, v roce 1359 jsou vzpomínány jako majetek sázavského kláštera, v jehož držení zůstaly do roku 1547. Tvrz zřejmě vystavěl první světský majitel Voděrad Jan Zikmund Myška ze Žlunic po roce 1569, neboť když majetek získal v roce 1577 jeho syn Jaroslav, tvrz byla již obývána. Od roku 1594 se zde střídá několik majitelů, až Voděrady koupil v roce 1642 Jan Burián Slavíkovec ze Slavíkova. Ten nechal podle některých pramenů vystavět západně od poplužního dvora a bývalé tvrze, která později beze stopy zmizela, nový barokní zámek, který má být jádrem dnešní stavby. Tento údaj však zpochybňuje stavebně-historický průzkum zámku, který nepotvrdil barokní zdivo (viz dále), takže pravdědobně byla pouze stará tvrz barokně opravena a i nadále obývána. Po smrti Jana Buriana odkázala jeho manželka panství svému synovi z prvního manželství, Františku Albrechtovi Mauricovi z Mohrenburgu. Jeho potomci v Polních Voděradech sídlili do roku 1736, kdy ho ve veřejné dražbě koupil František Ignác Bukovský z Hustířan. Poté následovalo několik dalších majitelů, až statek v roce 1861 koupil Václav Ignác z Eisensteinu. Pravděpodobně až za tohoto majitele vznikla podle výsledků stavebně-hiistorického průzkumu novostavba dnešního zámku a teprve nyní byla stará tvrz zbořena (dnes není známo přesné místo, kde stála). Výrazné úpravy se zámek dočkal na konci 19. století za Emericha z Eisensteinu, kdy byl zásadně zmodernizován a upraven v secesním slohu. K západní stěně staršího křídla bylo přistavěno křídlo nové s téměř čtvercovým půdorysem a vznikl nový vstup s balkonem v jižním průčelí. Vnější fasády zvýraznily římsy, okna byla oddělena plochými pilastry zakončenými bohatě zdobenými korintskými hlavicemi a opatřena nadokenními i podokenními římsami. Střední osa zámku byla nad balkonem zvýrazněna štítem s erbem Eisensteinů. V interiéru vynikal zejména velký sál v prvním patře, z něhož byl přístup na balkon.
Potomkům Emericha z Eisensteinu patřil zámek do roku 1945, kdy ho stát na základě tzv. "Benešových dekretů" zkonfiskoval Karlovi z Eisensteinu, poslednímu majiteli z tohoto rodu. Poté sloužil potřebám obecního úřadu a k bytovým účelům. V osmdesátých letech byl zámek převeden Okresnímu stavebnímu podniku , který ho prodal do soukromých rukou. V současné době zámek vlastní firma Elit Profi.