Území při soutoku Kouřimky s Bečvárkou bylo souvisle osídleno od mladší doby kamenné. Kromě úrodné půdy s dostatečnými vodními zdroji působila na hustotu osídlení i výhodná poloha pří staré obchodní stezce, spojující Prahu s východními Čechami a Moravou. Její trasu převzala i středověká trstenická stezka, pozdější císařská silnice i novodobá komunikace jen s malými místními odchylkami. O významu Plaňan svědčí to, že se objevují téměř na všech starých mapách, počínaje mapou Criningerovou z roku 1569. Pozornosti si zasluhuje i dochovaný románský kostel z 12. století, pod jehož podlahou bylo v roce 1937 odkryto zdivo z 10. století, snad pozůstatky původní rotundy.

V historických pramenech se Plaňany, v té době jako Plaňasy, poprvé připomínají roce 1222 jako majetek Holce z Plaňas, kastelána olomouckého hradu. Další zprávu o vsi poskytují prameny až téměř po stu letech, kdy je v roce 1318 uváděn Jan ze vsi Plaňas. Ve 14. století a v první polovině století 15. se v Plaňanech vystřídala celá řada majitelů a v roce 1421 a 1424 byla osada vypleněna husitskými vojsky. Roku 1448 koupil Plaňany vyšehradský purkrabí Jan z Rabštejna, který patřil k odpůrcům Jiřího z Poděbrad, a tak vojska poděbradské jednoty táhnoucí roku 1448 na Prahu, nešetřila jeho majetek a Plaňany vyplenila. S nástupem Jiřího z Poděbrad na český trůn se objevil i nový majitel Plaňan, zámožný a do rytířského stavu povýšený horník Jan Hanykéř mladší ze Semína. V letech 1488 — 1497 vystupoval sice jako majitel vsi vladyka Mikuláš z Plaňan, ale v roce 1500 opět Jan Hanykéř, od jehož dědiců koupil v roce 1530 Plaňany Beneš Mírek ze Solopysk. Jeho rod zde sídlil až do pobělohorských konfiskací. A byli to právě Mírkové ze Solopysk, kteří před rokem 1604 dosáhli povýšení Plaňan na městečko (některá literatura udává povýšení Plaňan na městys roku 1572) a získaly znak od císaře Maxmiliána II.; znakem Plaňan jsou dva stromy vyrůstající z trávníku v patě štítu. V této době se také ustálil stávající název obce.

Statut městyse byl Plaňanům vrácen na základě rozhodnutí Parlamentu ČR 10. října 2006.