Počátky města sahají do přelomu 13. – 14. století, kdy vznikla tvrz a vesnice Včelnice, která dostala své jméno podle knížecích včelích zahrad (od roku 1654 přejmenována na Nežárku). Toto území patřilo knížecí komoře. Držitelé tvrze a vsi byli "rytíři ze Včelnice". Z nejstarších se připomíná rytíř Svatomír - asi 1320, který sloužil dlouho ve službách a ve vojsku krále Jana Lucemburského. Po něm zůstala dcera Blaha, která se po jeho smrti stala držitelkou tvrze. Poté se střídali různí držitelé, z nichž nejdéle tu byli Vencelíkové z Vrchovišť 1467 - 1649. Roku 1649 koupil panství španělský šlechtic Bartoloměj Paradys de la Saga. Jeho manželka hraběnka Hypolity z Ladronu postavila za své zachránění při povodni kapli a roku 1662 do ní přenesla přesnou kopii zázračné sošky - černé Panny Marie z Alt Oetingenu a místo nazvala Nový Oetting. Její syn Bernard František postavil při této kapli 54 domků, které prodal řemeslníkům a vytvořil z již poutního místa základ řemeslnického, obchodního a průmyslového městečka Nový Oeting - Nový Etynk. Městečko se rychle rozrůstalo a tak již roku 1728 byl založen cechovní řád pro cechy truhlářský, ševcovský, krejčovský, kožešnický, ale především soukenický.

Roku 1786 byl postaven kostel Nanebevzetí Panny Marie ze stávající kaple, která byla v něm ponechána jako sakristie. Roku 1806 byla postavena fara. V roce 1701 byl na paměť nad vítězstvím nad morem, který Nový Etynk postihl, postaven Mariánsky sloup.

V roce 1790 bylo městečko povýšeno na městys Etynk Nový - Včelnice a udělen mu městský znak a pečetidlo. Od roku 1884 se Nový Etynk stal městem. V roce 1786 koupil včelnické panství JUDr. Josef Hilgartner, rytíř z Lilienbornu, postavil zámek do obdélníkového tvaru, zřídil znovu vyhořelý pivovar z roku 1601 a dostal povolení k založení první textilní továrny.

Nový Etynk přerost přilehlou obec Včelnici nejen rozlohou a počtem obyvatel, ale i po stránce kulturní a společenské. Již roku 1789 byla zřízena obecná škola, od roku 1862 zde působil vzdělávací spolek Řemeslnická beseda, dále Štítný, Pošumavská jednota, roku 1900 hudební spolek a několik divadelních souborů. Hasičský sbor vznikl roku 1875, Sokol roku 1913, Jednota divadelních ochotníků roku 1921. V roce 1860 byla v Novém Etynku založení první česká továrna na houně, haleny a koňské přikrývky. Další obživu pro obyvatelstvo poskytovala pletárna. Stavba úzkokolejné železnice Jindřichův Hradec - Obrataň v roce 1906 uspíšila rozvoj průmyslu a spojila městečko s ostatním světem.Statut města byl ve třicátých letech změněn na městys Nový Etynk - Včelnice. Při sloučení obou obcí v jednu roku 1950 bylo provedeno odsouhlasení názvu na Novou Včelnici, ale statut městyse nebyl udělen.

S účinnosti od 1. června 1998 byl třinácti obcím České republiky udělen statut města. Mezi nimi, jako jedna největších, byla i Nová Včelnice. Dovršilo se tak padesátileté úsilí o navrácení statutu města. Již v roce 1949 byl učiněn první pokus vrátit Nové Včelnici to, co jí patřilo do 2. světové války. 15. února 1996 schválilo obecní zastupitelstvo žádost o navrácení statutu města. Na zpracování žádosti a potřebných dokladů se podílela řada pracovníků obecního úřadu, především pan Míchal a pan Matějka. Největší zásluhu na získání kvalitních dokladů, potřebných k uznání historického statutu, má především pan Ladislav Šmol. Po padesáti letech je Nová Včelnice, dříve Nový Etink znovu Městem.