Osídlení obce se datuje prý již od 14. století (první písemná zmínka od roku 1549) a název je odvozen od práva místního mlynáře, který nemusel na robotu a měl tzv. "svobodné hrdlo", čili Freihalz. Z tohoto slova postupem času, při osidlování osady u mlýna na levém břehu řeky Lužnice, vyvinul název Frahelž.

Alois Jirásek ve své knize Proti všem připomíná tuto osadu a mlýn, kde se prý léčil Jan Žižka. Před regulací řeky Lužnice byl ve vodě bludný kámen, na němž byl vytesán letopočet MCDXXIV – tedy rok Žižkovi smrti 1424. Během staletí byla osada, dle dochovaných záznamů, několikrát vypálena. Dříve obec náležela panu Janu ze Stráže. V pozdější době patřila do panství bechyňského. Prvním osadníkem byl jistý Rohlík v čp. 1.