Obec Dolní Pěna, dříve též Pěnná, německy Niederbaumgarten, je údolní lánová vesnice ležící na jihovýchodní hranici Jindřichohradecké kotliny a Českomoravské vrchoviny (Javořická vrchovina, Novobystřická pahorkatina) podél mělké nivy Pěněnského potoka, od něhož byl ve středověku odvozen její český název. Obec byla historicky úzce provázána s Horní Pěnou (Baumgarten) – spadala pod farnost v Horní Pěně a po 2. světové válce byla až do r. 1990 administrativně součástí Horní Pěny. Obě obce patřily pod jindřichohradecké panství a jejich vznik pravděpodobně souvisel s kolonizačním úsilím pánů z Hradce ve 13. století. Vzhledem k blízkosti hradecké kotliny souvisle osídlené nejpozději od raného středověku (hradiště z 8. století na místě dnešního hradu a zámku) a příhodné poloze však nemůžeme vyloučit osídlení místa již během první kolonizace ve 12. století. 

První písemná zmínka o vesnici je z r. 1344 v popisu pražské diecéze pod názvem Dolní Pěnná. V Berní rule z r. 1654 se uvádí, že obec tvořilo 28 usedlostí. Pěněnskou vrchností byly postupně tři rody: od počátku až do vymření po meči r. 1604 páni z Hradce, v 17. stol. Slavatové a od konce 17. stol. až do r. 1945 Černínové.

Obyvatelstvo tvořila historicky dvě etnika – Češi a čeští Němci. Podle názvu obce můžeme usuzovat na slovanský původ prvních obyvatel, v průběhu kolonizace ve 13. a 14. stol. pravděpodobně přichází němečtí kolonisté. Většinově německou se obec stala nejspíš v období po třicetileté válce. Před 2. světovou válkou žilo v obci 278 obyvatel – 253 se hlásilo k národnosti německé a 25 k české. Komplikovaným se soužití česky a německy mluvících obyvatel stalo na konci třicátých let s nástupem nacismu v Německu. Po mnichovské dohodě byla Dolní Pěna odtržena od Československa a připadla Německu (hraniční přechod byl až do okupace 15. března 1939 u Pánovy pily, dnes likérky Fruko – Schulz). Podle informací pamětníků však zůstávaly vztahy německých a českých sedláků v obci nadále korektní. 

Po osvobození republiky v r. 1945 rozhodl prezident Edvard Beneš dekretem prezidenta republiky o odsunu většiny německého obyvatelstva. Uplatněn byl princip kolektivní viny. V okrese Jindřichův Hradec bylo zřízeno 28 zajišťovacích táborů a v nich soustředěno 1484 osob německé národnosti. Jeden z táborů byl v Horní Pěně. Odsun většiny z nich pak probíhal po úzkorozchodné železnici do Nové Bystřice a pak pěšky do Rakouska. Oficiálnímu odsunu řízenému čs. úřady předcházel tzv. divoký odsun, který si vyžádal v celé zemi společně s řáděním revolučních gard těsně po osvobození několik tisíc obětí (přesná čísla nejsou známa, sudetoněmecké organizace uvádí až dvacet tisíc mrtvých, na Jindřichohradecku došlo k zavraždění desítek lidí). Divoký odsun, jemuž nedokázaly úřady zabránit, prováděl na území od Českých Velenic po Slavonice plk. Hobza a jeho dvousetčlenný „partizánský“ oddíl. Dolní Pěna přišla na řadu 30. května 1945 (v těchto dnech též Horní Pěna, Dolní a Horní Žďár, Hospříz, Otín, Kunějov a Člunek). K násilnostem na Němcích došlo v Dobré Vodě, Člunku, Sedle, Nové Bystřici a dalších obcích. V Dolní Pěně si divoký odsun vyžádal minimálně tři oběti pohřbené v neoznačeném hrobě v humnech na severním okraji obce. Násilí se nevyhnulo ani novým dosídlencům – zavražděn při kosení louky pravděpodobně původním německým majitelem byl nový hospodář v č. p. 42.

Historie Dolní Pěny po roce 1945 je již historií české obce. Díky poloze na vnitřním okraji tzv. Sudet a blízkosti vždy etnicky převážně českého Jindřichova Hradce se obec podařilo relativně rychle dosídlit. Přesto se vesnice zcela nevyhnula devastaci. V 70. letech došlo k narovnání Pěněnského potoka v obci, k zbourání několika domů včetně mlýna nad obcí a k rozparcelování údolní nivy s pastvinami na zahrádky, čímž byl z části setřen původní středověký ráz údolní lánové vesnice. Předválečného počtu obyvatel dosáhla obec až v současnosti z větší části díky rozsáhlé individuální výstavbě na okrajích obce.