První písemná zmínka o obci pochází z roku 1404, kdy je připomínán Vavřinec z Cepu (Laurentius de Czepow). Vesnice byla sídlem vladycké rodiny z Cepu. Dalším známým majitelm je Vavřincův syn Mikuláš z Cepu, později se připomíná ještě Jakub z Cepu. Dalšími vlastníky byli Krajířové z Krajku, po nich již Rožmberkové.

Podobně jako okolí i Cep utrpěl třicetiletou válkou, kdy v letech 1620-1622 obcí několikrát protáhla vojska. Dle dochovaných jmen zdejších hospodářů můžeme usuzovat, že osídlení vsi bylo souvisle české. 

Starodávná vladyčí vesnice, vzdálená 9 km (12 km po silnici) jižně od Třeboně. Výměra jejího katastru činí 3550 ha. V 96 domech, z nichž 26 jsou rekreační chalupy  nevyčleněné  z  bytového fondu, trvale žije 184 obyvatel,  z těch je 96  žen a  43 dětí do 14 let.  Z celkového počtu 87 ekonomicky činných jich 60 vyjíždí za prací, 50 občanů pracuje v zemědělství, lesnictví a vodním hospodářství. V průmyslu pracuje 18 lidí. 

V obci je prodejna smíšeného zboží, hostinec Cepská hospoda a pro občany je k dispozici knihovna s možností přístupu na internet. Ve sportovním areálu na návsi je nově vybudovaný tenisový kurt. Katastrem obce prochází cyklistická naučná stezka Okolo Třeboně, turistické značené trasy z Třeboně do Nových Hradů (modrá), z nádraží Pilař k rybníku Spolskému (žlutá) a přímo obcí prochází cyklistická stezka z Třeboně do Suchdola nad Lužnicí.

Obec, jejíž katastr je v CHKO Třeboňsko, má farnost v Suchdole a poštu v Třeboni. Nadmořská výška obce je od paty kostela 459 metrů nad mořem.Roku 1836 zde vznikla škola. Velkou zásluhu na jejím založení měl Jan Adolf kníže Schwarzenberg, jež poskytl stavební materiál a zaplatil řemeslníky.

Kostel sv. Jana Křtitele začal být stavěn roku 1869 a ves jej nechala vystavět vlastním nákladem. Dostavěn byl v roce 1871.

Obec Cep byl samostatnou obcí do roku 1976, tehdy byl připojen k Suchdolu nad Lužnicí. Dnes má opět vlastní samosprávu.