První písemná zmínka o obci pochází z roku 1377, kdy se připomíná jistý Konrád z Bednárce. Ves trvale náležela k jindřichohradeckému panství a byl sídlem panské rychty. Bednárec nebyl ušetřen mnoha pohrom. V roce 1585 to byla velká morová epidemie na kterou, zde zahynulo 50 obyvatel. Roku 1693 došlo k vypuknutí epidemie kobylek, což mělo za následek zničení úrody. Ve vsi ležela mnohá vojska (nejvíce Rus. a Fra.). V roce 1877 byla v Bednárci otevřena nová škola, která pro nedostatek žáků byla v roce 1974 zrušena. Bednárec protla v roce 1887 železnice Veselí nad Lužnicí- Jihlava. První vlak zde projel 29. 08. 1887. Roku 1894 byl založen Sbor dobrovolných hasičů Bednárec, který zde funguje dodnes (v nedávné době byla zrekonstruována místní hasičská zbrojnice) V roce 1975 byl Bednárec sloučen s nedalekým Jarošovem nad Nežárkou (v roce 1990se opět osamostatnil). V roce 2011 obdržela obec od předsedkyně poslanecké sněmovny ČR svou vlajku a znak.