Nadějov se objevuje již v nadační listině Václava II. z roku 1298, kterou zakládal probošství v Měříně. Připisuje se kolonizačním snahám třebíčského benediktinského kláštera. Opat Naděj sem přivedl první osadníky, kteří po vymýcení a vyžďáření okolního pralesa postavili první dřevěné chatrče.

Nadějov byl vystavěn jako vesnice tzv. ulicového typu, kdy nová dřevěná stavení vznikala podél probíhající cesty. Další historie obce se spojuje s vladyky, kteří na počátku 15. století sídlili na zhořské tvrzi, roku 1450 patřil k majetku Vaňka Husa ze Zhoře.

Roku 1481 prodává Jan Klusáček ze Zhoře, který Nadějov vlastnil od roku 1475, celý majetek zhořské tvrze i s obcí Nadějov majitelům rudoleckého panství, konkrétně Janovi z Vranova. Toto panství pak přechází roku 1552 do vlastnictví významného rytířského rodu Chroustenských z Malovar. Z této doby se již zachovaly první zápisy o poddanských poměrech v urbáři a registrech panství a jsou v nich také připomínána některá jména poddaných na nadějovských gruntech.

Protože se v roce 1620 v osudové bitvě na Bílé hoře Chroustečtí z Malovar přiklonili na stranu proticísařskou, byly jim v rámci pobělohorských konfiskací všechny jejich majetky zabaveny. Roku 1623 pak byly císařem Ferdinandem II. výhodně prodány lombardskému šlechtickému rodu Collaltů. Ti si za své sídlo zvolili zámek v Brtnici a toto panství vlastnili až do počátku 20.století, kdy jim byl majetek vyvlastněn a rozprodán českým občanům.

V letech 1869-1950 spadala obec pod okres Jihlava, v letech 1950-1961 pod okres Jihlava-okolí a od roku 1961 opět pod okres Jihlava. 30. června 1942 nacisté popravili Jana a Marii Plašilovi z Nadějova, kteří poskytli úkryt židovskému zubnímu lékaři Goldsteinovi z Jihlavy, jenž uprchl z transportu.

Během období kolektivizace místního zemědělství bylo několik rodin nuceno se z obce vystěhovat, jednoho ze sedláků dokonce odsoudili k sedmi letům odnětí svobody.[2] Roku 1959 založili jednotné zemědělské družstvo III. typu.

V roce 2002 dokončili v obci  plynofikaci a vyhloubení hlubinného vrtu určeného pro obecní vodovodní řad.