První písemná zmínka o obci pochází z roku 1329, kdy patřily Křižanovice s celým širokým okolím k újezdu bojanovskému, jehož majitelem byl klášter vilémovský. Když byl tohoto roku předán újezd bojanovský klášterem vilémovským Jindřichu z Lichtenburka, vymínili si opat a konvent vilémovský pro sebe vesnici Křižanovice, v níž měli své hajné a rybáře, kteří směli v řece Chrudimce provozovat volně a svobodně rybolov.

V padesátých letech 20. století byla vybudována na řece Chrudimce údolní nádrž Křižanovice. Údolí řeky bylo v minulosti oblastí s padesáti trempskými osadami, trempové dali řece název „Stříbrná řeka“. Nyní stojí v blízkosti přehrady více než 300 rekreačních chat. Voda z přehrady slouží v současnosti jako zdroj pitné vody pro Chrudim a Pardubice.

U obce se nachází ložisko rud Pb-Zn-Cu s barytem. V 80. letech 20. století zde probíhal geologický průzkum. Práce byly v 90. letech ukončeny. Chloubou obce bývala v minulosti družstevní mlékárna, která byla vybudována na začátku 30. let 20. století. Stavba mlékárny začala v červnu 1934 a provoz v ní byl zahájen již 6. října téhož roku. V 50. letech 20. století byl provoz mlékárny ukončen. Budova byla v 70.letech minulého století přestavěna na prodejnu potravin a pohostinství. V současné době je budova majetkem obce.

Obec byla samostatnou obcí. V 60. letech minulého století byla sloučena do střediskové obce Liboměřice, spolu se sousední obcí Licibořice. Od prosince roku 1990 je obec Křižanovice opět samostatnou obcí. V současné době je zde hlášeno k trvalému pobytu 112 obyvatel.