Obec vznikla spojením tří původních vesnic Horní, Prostřední a Dolní Věžnice. Snad i z těchto důvodů se dodnes traduje název Trojí Věžnice. Horní a Dolní Věžnice byly založeny pravděpodobně v I. polovině 13. století jako strážní osady na hlavní obchodní stezce z Brna do Prahy. V místě postavené strážní věže sloužily údajně i jako světelné majáky určující cestu putujícím kupcům. Jistý vliv na osídlení měla také těžba stříbrné rudy v blízkém okolí, což dokládá pomístní název části katastru „Na Šachtě“. V roce 1356 je ves v listinách uvedena již jako součást polenského panství pod názvem Wezenicz. Horní a Prostřední Věžnice byly vždy české s typickou českou urbanistikou. Dolní Věžnice osídlená německými kolonisty z Bavorska v době těžby stříbrné rudy na Vysočině si dodnes zachovala architektonický „německý“ styl. O Prostřední Věžnici je první písemná zmínka v kupní smlouvě Hertvíka Žejdlice z roku 1597. Obce byly trvale součástí polenského panství. V 70. letech 18. století byla v Dolní Věžnici postavena německá škola, do které zpočátku docházely i děti z českých rodin. Česká škola byla postavena v Horní Věžnici roku 1884. Koncem 19. a počátkem 20. století byly v místě v provozu tři mlýny, pásová pila a výrobna šindele. Sbor dobrovolných hasičů byl založen v roce 1895 (v Horní Věžnici r. 1910). Obyvatelstvo bylo převážně německé (odtud i častěji užívaný název Wieznitz, Vesnitz, nebo počeštěný Wěžnitz). V roce 1925 se začala psát obecní kronika. Ke sloučení obcí a zavedení jednotného názvu Věžnice došlo na základě žádosti Obecního úřadu v Horní Věžnici a spolku na podporu české menšiny v německých oblastech – Národní jednoty pošumavské – v roce 1925. Existence dvojí Věžnice fakticky skončila v roce 1945 po nuceném vysídlení Němců.