Obec Podmoklany leží na mírném svahu v hlubokém rozšiřujícím se údolí říčky Cerhovky. To se rozprostírá mezi Železnými horami na severu a Hornosázavskou pahorkatinou na jih, ve vzdálenosti 7km východně od Chotěboře. Z geomorfologického hlediska náleží tato oblast k provincii České Vysočiny a do povodí řeky Doubravy. Krajina je značně výškovitě členitá 440-630m nad mořem se strmými stráněmi s četnými svahovými prameništi s vysokou lesnatostí. Obec leží v Chráněné krajinné oblasti Železné hory. V těsné blízkosti obce jsou dvě přírodní rezervace Zlatá louka a Mokřadlo. Zlatá louka zahrnuje rašelinné louky s celou řadou chráněných druhů rostlin. Mokřadlo zahrnuje plochou nivu Cerhovky v části s vodní plochou rovněž s výskytem celé řady přísně chráněných rostlin a živočichů. Obec je bohatou zásobárnou kvalitní pitné vody. Ta je jímána do mohutných podzemních nádrží v Braníšově a odtud je čerpána na Malochýn. Z tamní vodárny teče samospádem do Chotěboře, Havlíčkova brodu a Čáslavi.