První písemná zpráva pochází z roku 1305. Boňkův dvůr patřil do roku 1843 k Herálci. Od roku 1866 byl veden pod názvem Boňkov (dřívější byli Bonkow a Bonkov). Dne 15. února 1893 se v Boňkově uskutečnily první samostatné volby a až do roku 1960 byl Boňkov samostatnou obcí, v letech 1960 až 1992 pak součást Herálce. V letech 1910 až 1960 spadala obec pod okres Humpolec. V roce 1992 se stal Boňkov opět samostatnou obcí.