Název Markvartice je pravděpodobně odvozen od Markvarta z Pořešína. Markvartice se v písemných pramenech uvádí jako Margwaticz, Margaurtycz nebo Markwarticze. První písemná zmínka pochází z r. 1337. V r. 1389 přešla do vlastnictví pánů z Rožmberka, dále Racka z Markvartic (purkrabího z Pořešína) a Markvarta z Pořešína. V r. 1564 spadají Markvartice pod sedlecké hájenství. Markvartice patřily farností k Velešínu a leží v katastrálním území Zubčice o výměře 9,49 km².