Bývalý laický kostel sv. Markéty je i přes řadu užitkových změn a stavebních zásahů, které probíhaly po zrušení kláštera a zejména v 19. století, stále velmi hodnotným příkladem vrcholně gotické architektury z konce 14. století s netypicky protaženými nárožími, původně dvoulodně klenutou lodí a zděným sanktusníkem, jak dokládají zachované zbytky a několik zachovaných historických vedut. Architektura kostela je nepostradatelným prvkem v rámci cisterciáckého kláštera a to nejen z hlediska ideového, výtvarného, ale také hmotového, neboť významně utváří siluetu obce při pohledu od Rájova, z pravého vltavského břehu. Po adaptaci v 19. století se bývalý kostel s přistavěným křídlem stal významným dokladem manufakturního provozu a výroby tehdy oceňovaných sirek. Tato zásadní přestavba kostela na výrobní objekt se dochovala v neporušené podobě až dodnes jen s malými úpravami k bytovým účelům. Kostel je tak významným a nepostradatelným prvkem rozsáhlého areálu cisterciáckého kláštera, který se i po jeho zrušení roku 1785 dochoval v pozoruhodném rozsahu