První písemná zmínka je z roku 1360. Zakladateli Malont byli němečtí kolonisté, kteří byli povoláni od pánů z Michalovic z Horních Rakous do Čech, aby zde vymýtili lesy. Tito osídlenci založili v okolí obce dvě sklárny, měli i dva domy s právem vařit pivo. V roce 1387 přecházejí Malonty spolu s velešínským a benešovským panstvím na Petra II. Roku 1456 patřily Malonty Jakubu Czandlovi. 17.6.1483 zastavil Petr Vok z Rožmberka úroky ze vsi Malonty. Malonty v té době tvořili vlastní rychtu a patřily k nim i osady Meziříčí a Jaroměř. V roce 1611 přešly na pány ze Švamberka a po bitvě na Bílé hoře, v roce 1620, přecházejí Malonty do majetku hraběte Buqoye (panství novohradská).

První písemná zpráva o zdejší škole je z roku 1686.

Původní název obce Menholt se změnil na Maynholthov a kolem roku 1364 na Maynatisslag. Donedávna používaný název Meinetschlag se vyvinul z původního Meinholtsslag - Meinholtova paseka nebo mýtina. České jméno obce mělo nejdříve tvar Manholty a z toho vzniklo přesmykem Malonty.