Kostel gotického jádra z 1. poloviny 14. století stojí v lokalitě Svatý Tomáš. Kostel byl více upraven v 16. století. Kostel byl po roce 1990 kompletně opraven.

Gotický bývalý farní a poutní kostel v obci Svatý Tomáš je cennou stavební památkou. Postaven byl roku 1348 na příkaz Petra I. z Rožmberka. Sakristie na severní straně kostela je ovšem starší. Je románská a pochází údajně z kostela, který dal zbudovat roku 1258 Vítek z Krumlova. Na severní straně chóru je nástěnná malba ze 14. století, tedy z prvního gotického stavebního období. Tato malba byla objevena teprve před několika lety, kdy do kostela netěsnou a zdevastovanou střechou zatékalo a tím došlo k opadávání omítky. Malba zobrazuje Pannu Marii s Ježíškem a Tři krále.