Raně středověký kostel několikrát přestavován. Koncem 14. století postaven nynější presbytář, kolem roku 1500 sklenuto dvoulodí. 1509 poškozen požárem. 1740 zvýšena věž o patro. 1912 – kostel opraven a vymalován.

Farní kostel sv. Petra a sv. Pavla spolu se sousedním kostelem sv. Floriána tvoří pohledovou dominantu a je tak významným urbanistickým prvkem, který dotváří charakter sídliště při pohledech na historické jádro města od jihu a východu. Kostel ve své poloze uprostřed hřbitovního areálu, blízko brodu přes Malši a křižovatky cest a umístěním jihovýchodně od pravidelného půdorysu vysazeného města umožňuje předpoklad, že se nalézá na místě původní kaple Panny Marie (= Kaplice) a mohl by případně obsahovat i některé její konstrukce?? Nynější stavba je původem raně středověká, jak dokládají štítové konzoly vystupující na jz a jv nároží lodi, každá v jiné velikosti a jiné výšce. Kněžiště v nynější podobě pochází z poslední čtvrtiny 14. století, ale obsahuje patrně zbytky starší stavby. Velmi hodnotná a zajímavá je také původní severní sakristie, která byla dodatečně sklenuta goticko – renesanční křížovou klenbou s lomenými klenebními čely. Kostel však díky dvoulodí a západní věži vyniká především jako vynikající doklad produkce rožmberské stavební huti na konci 15. století. Nezpochybnitelnou hodnotu mají také krovové konstrukce a barokní úpravy kostela – zvonové patro věže, lavabo z červeného mramoru v sakristii.