Město se rozkládá na severozápadním břehu rekreačního rybníka Bezdrev. Na západní straně podél železniční trati přiléhá Zlivský rybník, na severu rekreační Mydlovarský rybník, s koupalištěm Mydlák.

Významné archeologické naleziště. V několika polohách (zejm. trať Varta)odkryté soubory sídlištních a výrobních objektů z doby římské (0-400 n. l.). Četné nálezy zdobené keramiky a železářské strusky. Na mírném návrší v jádru obce v trati U Jerhotů náhodně objeven 1974 poklad stříbrných mincí. Obsahoval 200 - 300 ks denárů velkého střížku jednoho typu z doby kolem r.1030. Poklad z velké části rozchvácen, dochovalo se 129 ks mincí. V roce 1409 Zliv uváděná jako poddanská ves hlubockého panství.

V roce 1991 byl opravený kamenný dvouoblouký most z 18 století, osazený sochou sv. Jana Nepomuckého (datovanou 1724). Kostelík sv. Václava byl vystaven v novogotickém stylu. V 19. století byla založena keramická továrna a šamotka, která v současnosti patří firmě Schiedel.

Výsledky archeologických výzkumů, prováděných Jihočeským muzeem pod vedením dr. Petra Zavřela, přinesly nebývalá zjištění a posunuly naše znalosti o osídlení Zlivska hlouběji do minulosti. Nálezy dokazují, že zdejší krajina byla spíše příhodná pro život pravěkého obyvatelstva, které po sobě zanechalo stopy své existence a činnosti. Sice již před desítkami let docházelo k náhodným nálezům prehistorických předmětů, ale tyto nálezy postrádaly systematický vědecký výzkum a artefakty, byly-li vůbec věrohodné, dostaly se do depozitářů různých i zahraničních muzeí.

Bezpečně prokázané je osídlení z mladší doby bronzové (1 200 až 900 př.n.l.). Jde o lokalitu směrem k Zahájí, kde došlo k hromadnému nálezu bronzových předmětů (sekerka s tulejkou, oštěp, jehlice, čtyři zlomky srpů a čtyři zlomky bronzoviny). Depot se pravděpodobně vztahuje k okruhu knovízské kultury a svědčí o vyspělosti tehdejších zemědělců a zpracovatelů kovů. Osídlení krajiny pokračovalo v pozdní době bronzové ve starším halštatském období (1 000 až 500 př.n.l.). Dokládá to ojedinělý nález bronzového kruhu na břehu Bezdreva nedaleko Zlivi.

Severozápadně od osady Zálužice jižně od Bezdreva se nalézalo malé keltské sídliště z mladšího laténského období. Je tak doložena i na území Zlivska existence Keltů, první známé etnické skupiny s vyspělým hospodářstvím a s prvními městy - opidy (nejblíže v Třísově), v nichž byla bohatá řemeslná výroba.Rozsáhlé nálezy přímo ve Zlivi v jihovýchodní části města na návrší Varta, kde bylo v roce 1978 objeveno pravěké sídliště, dokládají možnost trvalejšího osídlení na tomto území od počátku doby římské, tj. od přelomu našeho letopočtu do 4. století n.l.. Před dvěma tisíci lety se zde rozkládala germánská osada ve výhodné poloze na jižním až jihovýchodním svahu mírně klesajícím od prvních domů Zlivi směrem k Bezdrevu. Výhodná poloha byla znásobena blízkými zdroji vody v okolí. Výzkumem z let 1980 - 1984 byly odkryty sídlištní objekty, hlavně jámy různých tvarů. V nich bylo nalezeno množství železné strusky, úlomky keramiky, kousky bronzového plechu, zvířecí kosti a části kamenných brousků. Podstatným nálezem byl objev chaty - polozemnice (3 x 6 x 0,6 m), zahloubené do písčitého podloží, s množstvím úlomků keramiky také i z mohutné zásobnice. Tato keramika byla vyráběna v ruce. Vyskytuje se i střep s částečně dochovaným kolkem v podobě sluníčka a umožňuje tak datování sídliště od zlomu letopočtu do druhé poloviny druhého století našeho letopočtu.

V těsné blízkosti byly objeveny další dvě chaty čtvercového půdorysu (4 x 4 m) s pravidelnou půlovou konstrukcí a s množstvím artefaktů, s nálezy přeslenů, ale už také se zlomky keramiky točené na hrnčířském kruhu. Tyto chaty patří do konce římského období a do počátku stěhování národů v pátém století našeho letopočtu. Germánská osada byla tvořena skupinou nadzemních domů s mělce zapuštěnou podlahou. Germánské obyvatelstvo bylo na nižším hospodářském stupni než předchozí Keltové. Mělo málo rozvinutou hrnčířskou a kovářskou výrobu, neboť výrobky točené na hrnčířském kruhu se zde objevují až v pátém století. Obdělávání půdy v okolí Zlivi potvrzují i paleobotanická pozorování.

Původ názvu obce není zcela vyjasněn. Podle Ant. Profouse vznikl název přisvojovací příponou z osobního jména Zliv, tj. osídlení Zlivovo. Snad ze slovesa "zlíti se", které mělo význam "svářeti se, hněvati se". Odlišný výklad podal archivář Frant. Teplý - "usedlíci uměle vedeným potokem slili vodu z močálu". Grafická podoba jména se během staletí několikrát změnila: roku 1409 ve Zlivě, 1471 ves Zlivi, 1562 Zlyw, 1601 Zliw, 1720 Sliby, 1789 Zliw, Zliwie, 1848 Zliv.

*

Asi v první polovině prvního tisíciletí našeho letopočtu byla Zliv osídlena slovanským obyvatelstvem. Podle archeologických výzkumů byla slovanská sídla postavena ve velmi těsné blízkosti mnohem starších chat z doby germánského osídlení. Zaměstnávali se zemědělstvím, byli i řemeslníky jak dokládají nálezy slovanské keramiky z 10. až 12. století. V této době mělo zlivské sídliště přirozenou spojitost s hradem v Netolicích, neboť ten byl správním, hospodářským a vojenským střediskem pro širší okolí. Hlavní zemské stezky Zliv míjely, na pozdějších kartografických vyobrazeních je zakreslena cesta, která směřovala od Týna nad Vltavou na jih kolem dnešní Zlivi k pomeznímu hvozdu. Osídlení Zlivi v 11. století je doloženo tzv. zlivským pokladem.

Při úpravě terénu po zbourané usedlosti naproti hotelu Racek byl nalezen v roce 1974 poklad denárů z doby panování knížete Oldřicha (1012 - 1034). Nález je složen z jediného typu mincí - stříbrného denáru z poslední ražby knížete Oldřicha kolem roku 1030. To zcela vylučuje možnost dlouhodobého spoření a připouští jejich jednorázový zisk. Odborníci se při zpracování nálezu 129 denárů domnívají, že nález souvisí s existencí feudálního dvorce ve Zlivi. Zatím to nedokladuje žádný písemný pramen.

Nejstarší bezpečná písemná zmínka o Zlivi je totiž až z roku 1409. V popravčí knize pánů z Rožmberka je na straně 56 zápis Pravenie Přibíkovo ze Žabovřesk na mukách, kdy se Přibík 18. 3. přiznal: ..... It. ukradli jsme Václavovi ze Zlivě dva koně .... It. ukradli jsme Janovi z Česnovic krávu .... V nedávné době se dostal do pražské univerzitní knihovny rukopis z rakouského kláštera v Admontě se zápisem, kde se uvádí jakýsi "Hermanus de Slyben" a s touto podobou se setkáváme v českobudějovickém listináři "Paralmus de Sliben-genitus Hermanni de Sliben" k roku 1380. Pravděpodobně může jít o Zliv. V latinském textu inkvizičních protokolů z roku 1338 při výslechu v klášteře v Českých Budějovicích se objevuje název Slyuen (....iudici et iudicisse de Slyuen, qui fuerant suspecti de heresi ...), což mohla být latinská podoba názvu Zliv.

Zliv byla poddanskou vesnicí a příslušela k hradu Hluboká. Zprávy o hlubockých vsích pocházejí z roku 1490, kdy Zliv a Mydlovary patřily pod rychtářství purkarecké. Tehdy bylo ve Zlivi 16 osedlých a krčma, z níž platil v masopustu rychtář 5 gr. V urbáři se můžeme poprvé setkat se jmény zlivských hospodářů, jejich povinnostmi a robotou.

Hlubocké panství bylo dáváno panovníkem jako zástava za půjčky, proto často střídalo své držitele. Drželi je Rožmberkové, Lobkovicové, Pernštejnští. Vilém z Pernštejna osvobodil roku 1496 poddanské vesnice od odúmrtí . Po Pernštejnských přechází hlubocké panství na Ondřeje Ungnáda ze Suneku. Ten hleděl zvyšovat své příjmy z panství, uděloval řadu privilegií, zřizoval pivovary a založil dvůr Vondrov.

Roku 1562 koupil Hlubokou od císaře Ferdinanda za 115 tisíc kop grošů Jáchym z Hradce. V prosinci 1565 však utonul v Dunaji na válečném tažení proti Turkům a vlády se ujal Adam z Hradce. Za jeho panování došlo ke vzpouře na Blatech. Poddaní žádají krále o ochranu nad sirotčími penězi a právo od úmrti. Konečný boj o sirotčí autonomii začal krátce po roce 1570. Důvodem vzpoury bylo hrubé omezení sirotčí autonomie. Za účelem získání hotových peněz pod pravomocnost vrchnosti a násilné sehnání olešnických sedláků z jejich statků s cílem zřídit panský dvůr v Olešníku.

Konečný boj o sirotčí autonomii začal krátce po roce 1570. Důvodem vzpoury bylo hrubé omezení sirotčí autonomie. Za účelem získání hotových peněz pod pravomocnost vrchnosti a násilné sehnání olešnických sedláků z jejich statků s cílem zřídit panský dvůr v Olešníku.

Před rokem 1592 byl na hlubockém panství pořízen nový urbář. Zliv v té době patřila k rychtě v Olešníku. Poprvé jsou uvedena i příjmení zlivských hospodářů. V tomto urbáři je ve Zlivi uvedeno 23 osedlých - 18 sedláků a 5 chalupníků.

Koncem 16. století bylo veškeré obyvatelstvo (až na 4 osoby v Čejkovicích) podobojí. Svědčí o tom list podepsaný všemi osadníky, tedy i zlivskými a zaslaný Adamovi z Hradce, nejvyššímu kancléři českému, aby do Pištína ustanovil kněze, "kterýž by podle zvyklosti Tělem a Krví Páně podobojí způsobú nám posluhoval".

Jáchym Oldřich z Hradce nemohl pro převzaté dluhy po otci všechna panství udržet, proto Hlubokou prodal roku 1598 Bohuslavu Malovcovi z Malovic a na Dřítni. Jeho synové si majetek rozdělili a postavili se do řad české stavovské opozice proti Ferdinandovi II. Počátek třicetileté války dolehl těžce na vesnice hlubockého panství. Budějovičtí měšťané, většinou katolíci a Němci, udržovali spojení s Vídní. České stavovské vojsko oblehlo Budějovice a obsadilo okolní vesnice. Obyvatelé vesnic nesmírně trpěli, protože vojsko bylo špatně zásobováno a také mu byl špatně vyplácen žold.

Na pomoc stavovským vojákům táhlo od Plzně Mansfeldovo vojsko. Císařské vojsko pod vedením generála Buquoye vyrazilo přes Munice a Zliv k Záblatí. Obchvatným manévrem se podařilo Mansfelda vlákat do pasti a připravit mu u Záblatí zdrcující porážku. Stavovské vojsko ztratilo za jediný den 9.6.1619 tři tisíce mužů, z nichž 1200 bylo pobito. Císařské vojsko pak okolní vesnice téměř zničilo. Ani později nebyli obyvatelé uchráněni válečných běd. V roce 1648 došlo k bojové šarvátce mezi oddíly švédského a habsburského vojska na hrázi Bezdreva blízko Zlivi.

Tereziánský katastr z druhé poloviny 18. století uvádí ve Zlivi 10 hospodářů nad 60 strychů, 7 nad 30 strychů a menší hospodářství, celkem 21 hospodářů. Od roku 1814 měla Zliv opět samostatnou rychtu a rychtářem byl Bartoloměj Beneš, sedlák ze statku č. 6.

Druhá polovina 19. století je ve znamení rozvoje Zlivi. Hodně k tomu pomohla stavba železniční trati České Budějovice - Plzeň, i když ke zřízení zastávky ve Zlivi došlo až v roce 1883 u silnice ze Zlivi do Pištína. Postavení schwarzenberské továrny na šamotové zboží dalo podnět ke zřízení železniční stanice, která byla od roku 1892 trvale obsazena výpravčími a rozšířena o třetí kolej. Byla zřízena pošta, telegraf a v roce 1890 škola.