Milná je poprvé připomínána v roce 1373 jako „silva et Milna“, tedy jako les u Milné. Vroce 1379 uvádí roţmberský urbář název „ Milna at Frymburk“, tedy jako Milná u Frymburka. První německý zápis zroku 1457 ukazuje na to, že první slabika byla vyslovována jako „Mü“ a první člen byl tak spojen v Mühle, čímţ dostalo místa význam mlýnská pustka, přestoţe v osadě nikdy mlýn nebyl. Původní osídlení bylo české, což poznáme podle českého označení.

Teprve po druhé vlně kolonizace, po husitských válkách, dostali se do obce německy hovořící obyvatelé. V češtině bylo místní jméno nejdříve vyslovováno jako něco mylného, pochybného, klamného a nejistého. Ve druhé polovině 16.století bylo místní jméno volně přeloženo jako Mlynářov. V roce 1841 měla Milná 13 domů a 90 obyvatel, v roce 1862 to bylo 11 domů a 120 obyvatel.

V letech 1850 až 1920 byla samostatnou obcí, vletech 1921 až 1930 patřila pod obec Svatoňova Lhota a od roku 1950 patří k obci Frymburk. Milná, německy Mühlnödspadala v roce 1910 pod soudní okres Vyšší Brod, panství Rožmberk a farou do Frymburka, uvádí se zde 11 domů a 71 obyvatel, ztoho žádný české národnosti.