Pravěké osídlení Strážkovic (Strazkovice, Strážkovec, Straschkowitz, Straskobicz) dokládá malé mohylové pohřebiště v lese Hájku doposud přesněji nedatované. Raně středověkého stáří jsou mohyly v lese Štěpánka. Vznik Strážkovic musíme hledat v souvislostech osídlení jižních Čech. Nejstarší obce v jižních Čechách jsou Doudleby, Chýnov a Netolice. Končiny zdejšího kraje obýval kmen Doudlebanů /Dúdlebanů) s hranicemi Slepičí hory, Blanský les, Borovany. Je to oblast, která spadá do povodí Stropnice, Malše a částečně i Vltavy. Doudlebané sem přišli z Podunají, odpojili se od slovinců, nikoliv od kmene z východu ze Zakarpatí, které do středočeských krajů přivedl praotec Čech. Doudlebané unikly divokým Avarům a nejen svým původem, ale i způsobem života se odlišovali od ostatních osídlenců. Od Doudlebského starobylého hradiště jsou Strážkovice vzdálené 4 km. Původ názvu lze odvodit od slova stráž – strážiti. Její historické osazení na vrchu, ji zařazuje mezi tzv. „ohňové obce“, kdy v dobách nebezpečí, pro svoji viditelnost upozorňovali obyvatelé za nocí ohněm na nebezpečí vojsk. Strážkovice vznikly na Vitorazské zemské obchodní stezce (německy Weitraer Weg). První písemná zmínka o vsi pochází z roku 1391, pravidelný půdorys s rozměrnou návsí svědčí o založení Strážkovic při vrcholné kolonizaci ve 13. nebo 14. Století. Od středověku až do poloviny 19. Století bývaly Strážkovice rozděleny mezi několik vrchností. Část náležející k novohradskému panství Rožmberků. Jiný díl Strážkovic držel počátkem 15. Století jistý Metl, po jehož smrti nejpozději roku 1412 se k dědictví přihlásil Mikuláš z Bukvice. Další část byla příslušenstvím Komařic. Několik usedlostí také patřilo Doudlebským vladykům, po roce 1522 prodal Petr z Doudleb svou část Strážkovic Václavu Metelskému z Feldorfu, od něhož ji koupilo na přelomu let 1543/1544 město České Budějovice. Jedenáct zdejších usedlostí bylo poddáno krumlovské prelatuře. Až do sklonku feudalismu se Strážkovice dělily mezi pět vrchností – komařický statek vyšebrodských cisterciáků, krumlovskou prelaturu, město Budějovice, a schwarzenberská panství Krumlov a Třeboň. Rozdělení vsi vedlo k častým sporům mezi sousedy, z nichž každý měl jiného pána. Roku 1610 byl Jakub Barborka ze Strážkovic odsouzen k upálení na hranici pro čarodějnictví – naučil prý jistého Šimona Štěrbu, „aby ženské osoby byly naň laskavy a jemu po vůly“. Také samotný Štěrba byl tehdy popraven pro cizoložství. Od roku 1852 probíhala v lese Suchém těžba železné rudy pro železárnu Adolfov u Křemže; byly zde otevřeny doly Marie a Svatý Mikuláš. Na konci druhé světové války byli ve Strážkovicích příslušníky Rudé armády postříleni vojáci generála Vlasova. Pod obec Strážkovice patřily osady Řevnovice a od roku 1960 i osada Lomec. Dne 12.04.2013 byl po projednání ve výboru pro vědu, vzdělání, kulturu, mládež a tělovýchovu, podvýboru pro heraldiku a vexilologii tohoto výboru Poslanecké sněmovny udělen obci Strážkovice znak a vlajka.