Nedabyle patřila k panství komářickému, jehož držiteli byli zemané z rodu majícího střelu (erb šípu) ve svém znaku jako Bavoři ze Strakonic, Poříčtí, Boršovští, Újezdečtí aj. Roku 1346 dává Havel, řečený Kron z Nedabyle, nadaci kostelu ve Střížově. Po roce tom připomíná se Beneš z Komařic s chotí Vojslavou. Jejich syn Beneš ujal se Strádova a odtud psal se Strádovcem z Komařic. Uprostřed 15. stol. připomíná se Odolen z Komařic, jehož rod držel statek ten s Nedabylí. Roku 1457 po smrti Jana z Komářic připadlo zboží to na krále Ladislava, v odúmrtí tom vytčena je i Nedabyle.

Roku 1522 čteme o ní, kdy Petr z Doudleb prodává zboží své Václavu Metelskému z Felsdorfu, který panství toto nedržel dlouho. Po jeho smrti rozdělené bylo na dvě části, z nichž jedna koupena obcí budějovickou a druhá (včetně části zdejší) koupena Alžbětou Kořenskou z Terešova. Ta prodal tuto část okolního zboží roku 1575 panu Vilému z Rožmberka, který je připojil k panství třeboňskému.

V letech 1850 až 1934 tvořila Nedabyle součást obce Doubravice; od té doby podnes je samostatnou obcí vyjma období 1943 až 1945, kdy byla za Protektorátu nakrátko opět nuceně připojena k Doubravici.