V 16. století byly Čepřovice prodány Vilémovi z Rožmberka a později v roce 1595 byly prodány Vilémovo bratrem a dědicem, Petrem Vokem z Rožmberka, rytíři Arnoštovi Vitanovskému z Vlčkovi na Nihošovicích Ani v této době se ještě na území Čepřovic nezmiňuje šlechtické sídlo. Po smrti rytíře A. V. je jeho majetek rozdělen mezi jeho syny a Čepřovice dostává Mikuláš Vitanovský, který zde buduje první šlechtické sídlo. Vitanovští drželi Čepřovice 100 let až je roku 1683 Magdalena Vitanovská z Harasova prodává prácheňskému hejtmanovi a přísedícímu zemského soudu, cís. radovi Františku Jiřímu rytíři Doudlebskému z Doudleb. Ten však statek držel jen 2 roky a poté přechází do vlastnictví hraběti z Ditrichštejna. V Ditrichštejnském držení zůstávají Čepřovice 200 let a jsou součástí panství Vlachovo Březí. V 18. století zámeček a přilehlá stavení několikrát vyhořela (úderem blesku) a zámeček byl opraven jen provizorně. Z toho vyplývá, že neměl v té době pro vrchnost obytnou funkci. V roce 1860 zdědila panství Vlachovo Březí a tudíž i Čepřovice jedna z dcer knížete Josefa, hraběnka Terezie z Herbersteinu. Noví majitelé drželi velkostatek až do vyvlastnění po druhé světové válce. V rámci první pozemkové reformy byl z Čepřovického dvora vytvořen zbytkový statek. Ani tato změna však patrně nebyla podnětem k většímu a účelnějšímu využívání bývalého zámečku