První písemná zmínka o vsi (v Chotayczanech) pochází z roku 1378, kdy Karel IV. zmiňuje plat z Chotýčan. Vzhledem k poloze při cestě mezi Budějovicemi a Prahou vsí často táhla vojska. Původem uhlířská obec, nesla názvy Kotejcany, Schmidtgraben, Schmiedgraben, Kotegzan až po dnešní název Chotýčany.

V 16. století zde řádili lupiči, kteří číhali na kupce. Poblíž Chotýčan se provozovalo uhlířské řemeslo, poslední milíř byl zapálen v roce 1908. V roce 1873 zde byla postavena železniční stanice, elektřina byla zavedena v roce 1924. JZD zde vzniklo v roce 1956.

Škola v Chotýčanech nebyla, děti docházely do Hosína, vlastní budova byla postavena až v roce 1854; roku 1980 byla zrušena a 1986 zbourána.

V dobách feudalismu Chotýčany náležely k panství Hluboká, po zavedení obecního zřízení tvořily od roku 1850 osadu obce Dobřejovice. V roce 1868 se Chotýčany na více než století staly samostatnou obcí než byly od poloviny roku 1975 začleněny pod obec Ševětín. Status obce Chotýčany znovu nabyly dne 24. listopadu 1990. Mezi osobnostmi obce patří 

• Adolf Ambrož (* 1890), ředitel školy, pracovník Sokola
• František Blažek (*1878), finančník, pracovník prezidentské kanceláře
• František Bronec (*1913), malíř
• Jan Evangelista Pulec (1885-1963), biskupský notář, genealog
• Václav Pulec (1876-1944), farář, historik, genealog