Na území obce je doloženo pravěké osídlení z doby knovízské kultury. První písemná zmínka o vsi pochází z roku 1350, kdy budějovický farář prodával nedaleký dvůr „směrem k Hrdějovicím“ (versus Herdawicz). Název pochází zřejmě podle osoby Hrdibora či Hrděje. V roce 1378 jsou jak Hrdějovice (Hrdywiczi) tak Opatovice (Opatowiczi) jmenovány ve výčtu vesnic, které spolu s městečkem Lišovem král Karel IV. zastavil Janovi z Leuchtenberka. Až do zániku feudálního zřízení náležely Hrdějovice s Opatovicemi k hlubockému panství, jehož posledními držiteli byli od roku 1661 Schwarzenbergové. Přes Hrdějovice vedla původní silnice z Českých Budějovic na Tábor, na které se někdy nacházely v kolejích kousky jantaru. V polovině 18. století byla silnice přeložena do míst dnešního Borku.

Po zrušení poddanství se Hrdějovice (tehdy zvané Hrdějice, německy Hartowitz) roku 1850 staly samostatnou obcí, jíž zůstávají podnes. Tato obec na počátku zahrnovala i vsi Opatovice a Nemanice. Opatovice pak bývaly na čas oddělené coby obec s vlastní samosprávou v letech 1907 – 1943 a 1945 – 1960. Nemanice byly postoupeny městu České Budějovice v roce 1954. V roce 1954 byla část Hrdějovického katastrálního území převedena na nově vzniklou obec Borek. V roce 1976 1.dubna došlo ke sloučení s obcí Úsilné, které trvalo až do roku 1990. V roce 1950 bylo založeno JZD, 1968 zaveden vodovod a od roku 1983 zajíždí do Hrdějovic českobudějovická MHD. Od roku 2000 má obec vlastní znak a od roku 2009 vlajku.