Název obce pochází od slovanského kmene Doudlebů či Dudlebů, který měl přijít na území Čech někdy v pátém až šestém století našeho letopočtu společně s ostatními slovanskými kmeny. Kmen Doudlebů je stejně záhadný jako jeho samotný název. První řádky o Doudlebech pocházejí z pera arabského historika a cestovatele Al Más-udího (956) ve tvaru „Dúlába“. Stejnojmenná lidská společenstva žila také v Korutanech, Panonii a na ukrajinské Volyni. Lid, který vystřídal ustupující Kelty na germánsko-slovanském pomezí, má dodnes nejasné kořeny. Buď se jedná o složený tvar ze slovanského „duda“ – píšťala a „liabas“ – tenký, tedy člověk tenký, hubený jako píšťala. Druhá verze nabízí složeninu západogermánského „Deudo“ – lid, kmen, území a „laifts“ – zbytek, pozůstalost, což by znamenalo zděděné území. I když většina názorů zastává slovanský původ názvu Doudlebů, jeví se jako přijatelnější původ jména z germánštiny, neboť zdejší kraj zdědili po upadající keltské civilizaci.Někdy v pátém až šestém století se z oblasti při ruských řekách Styru a Bugu vydali Doudlebové na pochod Evropou, tlačeni výbojným a kočovným kmenem Avarů. Téměř v pustém území si na ostrohu řeky Malše založili opevněné hradiště. Všechny archeologické nálezy z Doudleb ovšem pocházejí až z 10. století.

První písemná zmínka o existenci Doudleb se váže k roku 981 a pochází od nejstaršího českého kronikáře Kosmy, který ovšem svou kroniku sepsal na začátku 12. století. Kosmas se zmiňuje o smrti mocného knížete Slavníka (otce sv. Vojtěcha) a za meze na jižní straně jeho panství pokládá Chýnov, Doudleby a Netolice. Kronikář všechna tři uvedená místa nazývá latinským výrazem „města“, což v tehdejším významu znamenalo opevněná místa, protože města na našem území tehdy ještě neexistovala. Většina současných historiků se přiklání k názoru, že slavníkovské území nebylo tak rozsáhlé, jak popisuje Kosmas, ale že hradiště, které v Doudlebech v 10. století stálo, patřilo od počátku českým knížatům z rodu Přemyslovců a sídlili zde přemyslovští správci. To však nic nemění na významu Doudleb jako starobylého správního střediska jihu Čech.
Podle archeologických výzkumů bylo hradiště dřevěná stavba, rozměrů asi 60 x 200 metrů. Rozkládalo se na lichoběžníkovitém vršku, na území dnešního kostela, fary, části hřbitova a farního pozemku. Z východní strany chránily hradiště dva pásy příčných hradeb. Za vnějším východním valem, jehož pozůstatky jsou stále patrné, následovalo lichoběžníkovité předhradí. Ze strany západní chránily hrad tři valy a prostor mezi nimi bývá označován jako podhradí. Z jihu a severu obtékala hradiště řeka Malše a přístup k hradu bránily strmé stráně. Přes řeku Malši byly také dva brody. Jeden v místě dnešního mostu, druhý v protějším záhybu řeky. V prostorách bývalého hradiště nebyl dosud udělán podrobnější archeologický průzkum. Bedřich Dubský odhalil v roce 1940 pozůstatky zahloubeného obydlí v prostoru za nynější hřbitovní kostnicí. Nálezy esovitých náušnic při archeologickém výzkumu z devadesátých let 20. století u základů jižní zdi kostelní budovy svědčí o existenci raně středověkého pohřebiště.
V nejstarších dobách vedla přes Doudleby do Rakouska obchodní stezka, která se nazývala freistadtská (cáhlovská), po níž se dováželo i vyváželo nejrůznější zboží. Jiná stezka – vitorazská, spojovala Doudlebsko s Vitorazskem, krajem na pomezí Čech a Rakouska.Doudleby byly od 10. století střediskem kraje, tedy i sídlem tehdejšího státního úředníka. První dochovaná písemná zpráva o jeho existenci pochází až z roku 1175. Připomíná přemyslovského správce Kochana z Doudleb, který se stal svědkem obdarování kláštera v Plasích knížetem Soběslavem. O čtyři roky později, roku 1179, je zmiňován Pillunga, který byl přítomen v Chebu, když kníže Bedřich ohraničoval českou zemi proti Bavorům a Rakousům. Se stejným Pillungou se lze setkat ještě v roce 1186. V roce 1268 stvrzuje Přemysl Otakar II. vyšehradskému proboštovi Petrovi starobylé výsady a daruje mu mimo jiné soudní pokuty v krajích Prácheň, Bozen, Pecka a Doudleby. Ale to je poslední zmínka o Doudlebech jako správním středisku okolního kraje. Se založením blízkého města Českých Budějovic upadla rychle sláva Doudleb tak, že ani ne třicet let po vydání této listiny se již nacházely v soukromém držení. Ujal se jich po jižních Čechách rod mohutně rozvětvený – rod Doudlebských z Doudleb, původně z Cipína.