V písemných pramenech se ves (Borowniczie) připomíná k roku 1383. Na sklonku 14. a v průběhu 15. století byla v držení vladyk z Borovnice erbu hřebla, později se stala součástí krumlovského panství Rožmberků. Osudy panství Český Krumlov pak sdílela Borovnice až do zrušení poddanství. Po zavedení obecního zřízení roku 1850 Borovnice tvořila součást obce Nová Ves a to až do roku 1931, kdy se osamostatnila. Za nacistické okupace byla v letech 1943 až 1945 nakrátko připojena ke Střížovu, poté znovu samostatná. Ke dni 12. června 1960 byla Borovnice začleněna pod obec Heřmaň a spolu s ní od 14. června 1964 pod obec Nedabyle. Opět samostatnou obcí je Borovnice počínaje 24. listopadem 1990.