Vesnice vznikla v době středověké kolonizace, první písemná zmínka o ní pochází z roku 1367. V raném novověku ji postihly dvě katastrofy – v květnu roku 1562 ničivé krupobití a roku 1611 totální vydrancování pasovským vojskem. Od svých počátků byla zřejmě rozdělena mezi více majitelů. Po třicetileté válce zdejší poddaní patřili buď k třeboňskému panství Schwarzenbergů, nebo zborovskému statku Kořenských z Terešova (který roku 1709 získali Schwarzenbergové), příp. k panství vyšebrodského kláštera. 
V roce 1850 se Zaliny staly osadou obce Zvíkov, v letech 1868–1964 byly samostatnou obcí, poté připadly Kališti a od 1. 7. 1985 jsou součástí Ledenic. Svažitou náves lemuje několik zachovalých stavení lidové architektury (zejména čp. 25), která v této oblasti vytváří ojedinělý soubor mísící prvky nedalekých Zbudovských blat a Třeboňska. Některé jsou bohužel poškozeny necitlivými novodobými úpravami.