Původní obec byla založena na počátku 13. století rodem Vítkovců. První písemná zmínka o vesnici pochází z roku 1220,[2] kdy se zde připomíná Vítek z Klokot („praotec“ pozdějších pánů z Landštejna), který v obci postavil tvrz. Po něm zdědil tvrz s obcí jeho syn Ojíř ze Klokot a Lomnice. Po jeho smrti tvrz z neznámých důvodů zanikla a ves získali páni z Rožmberka. Ti připojili ves k Příběnicům. V roce 1402 koupil obec od Rožmberků bohatý táborský měšťan Petr Růže. V roce 1469, po smrti jeho dcery Kateřiny, zdědilo obec Klokoty město Tábor. V roce 1875 byla otevřena zdejší školní budova, bývaly zde také dva dvory. Starousedlíci: Z místních rodin jsou uváděny jako nejstarší: Verštátova (1719), Dvořákova (1722), Šimákova (1735), Nouskova (1747), Zemanova (1761). Zde narozený Jan Táborský z Klokotské Hory (1505–1572) byl kronikář a spisovatel (Jan Táborský: Zpráva o staroměstském orloji). Kolem roku 1552 se stal správcem tehdy již proslulého staroměstského orloje. Dalším významným rodákem z Klokot Josef Cuřín (1862–1929) byl odborný autor v oboru cukrovarnictví. Také zde od roku 1825 působil známý básník, kněz a vlastenec doby obrozenecké Josef Vlastimil Kamarýt (1797–1833).