Třesínská jeskyně byla objevena v 60. letech 20. století, kdy do nitra vrchu Třesína byla ražena štola za účelem průzkumu zdejšího ložiska vápence a jeho využití pro výrobu cementu. Vchod do štoly se nachází v údolních partiích potoka Rachavky a nedaleko v sousedství hájovny U Robinsona. Zhruba 300 metrů jižně od vrcholu Třesína. Štola byla zpočátku ražena severozápadním směrem v délce cca 200 metrů, po proniknutí do jeskynního systému se obrátila v délce asi 15 metrů k východu a poté bylo vyraženo dalších zhruba 110 metrů v nitru Třesína směrem k severoseverozápadu.

Opuštěných podzemních prostor se posléze ujali členové České speleologické společnosti, kteří vyklidili zavalenou přístupovou štolu, zpřístupnili části jeskynního systému a zavedli sem elektrické osvětlení. Ústřední odborná komise pro speleoterapii při České speleologické společnosti zde následně ve spolupráci s Fakultní nemocnicí v Olomouci začala provozovat experimentální speleoterapeutickou léčbu dětí, trpících astmatem. V roce 1992 bylo zřízeno nestátní zdravotnické zařízení pro děti od 3 do 15 let se sídlem ve Vojtěchově. Jeskyně Ve štole je spolu s Císařskou jeskyní poblíž Ostrova u Macochy a štolami ve Zlatých Horách jedním ze tří míst v České republice, kde je praktikována speleoterapie