Ve 14. století sloužil kostel jako benediktinský klášter, ve kterém byla v 15. až 17. století zřízena škola českých bratří. Po bitvě na Bílé hoře byl kostel barokně přestavěn. V 18. století zde sídlilo piaristické gymnázium a kolej. Ve 20. století byl kostel poničen a sloužil jako sklad. R. 2007 byl zrekonstruován a slouží k pořádání výstav, svateb a jiných společenských akcí.

V kostele se nekonají pravidelné bohoslužby.