První písemná zmínka o Němčicích se zachovala v nejstarších dochovaných diplomatických listinách z roku 1131. Nejstarší archeologické naleziště na území města je ze starší doby kamenné.

Na žádost Vratislava z Pernštejna povýšil císař Ferdinand Habsburský roku 1563 ves Němčice na městečko s udělením mnoha privilegií. Od tohoto roku začaly Němčice vzkvétat, obyvatelé se začali zabývat vedle zemědělství také obchodem a řemesly. Po smrti Jana z Pernštejna přešlo panství do rukou pánů ze Salmu.

Roku 1720 bylo kojetínské panství odprodáno pražskému arcibiskupství a poslední majitelkou panství byla Eleonora z Kaunitzu, která se provdala za knížete Metternicha, jehož zásluhou byla v Němčicích roku 1831 vybudována škola. V roce 1848 byly zrušeny vrchnostenské úřady a obec Němčice náležela k okresnímu hejtmanství v Kroměříži. Roku 1864 bylo zvoleno první zastupitelstvo a prvním starostou se stal rolník Florián Kyselák.

Roku 1960 se staly součástí okresu Prostějov a od roku 2001 kraje Olomouckého. Roku 1970 byly Němčice nad Hanou povýšeny na město a staly se centrem kulturního života, školství, zdravotních služeb, úřadů, obchodů a pracovních příležitostí pro jižní část okresu Prostějov.

> {"Normální tabulka"; ""; font-size:10.0pt; font-family:"Times New Roman"

V okolí města bylo objeveno keltské oppidum evropského významu, které je v dnešní době soustavně zkoumáno. Bylo nalezeno 78 hrobů, též bylo zjištěno osídlení z kultury unětické.