Prušánky přináležely k farnosti Čejkovice. Zde byly také vedeny všechny matriky. V roce 1675 podává obec žádost k rektorovi olomoucké koleje jezuitů o povolení stavby kaple. Stavba kaple sv. Izidora je realizována v roce 1712 a slouží svému účelu 40 let. Následně je nahrazena kostelem, který byl postaven v roce 1758. 25. února je v Prušánkách zřízena samostatná lokální kurie. Bohoslužby v kostele vykonává střídavě farář a kaplan z Čejkovic. 11. dubna jsou Prušánky povýšeny na farnost. Na místo faráře je dosazen P. Šimon Svoboda.

Původní kostel, krytý šindelem, byl častokrát opravován. Farnosti byly dvakrát, v poměrně krátkém čase, zabaveny zvony z farního kostela. Poprvé v roce 1917, podruhé v roce 1942. Dnes jsou zavěšeny ve věži kostela 4 zvony. Poslední oprava chrámu, kdy se obnovovala střešní krytina, všechny omítky a odvodnění, byla prováděna v roce 1995. V letech 1996 - 1997 byl vytvořen kolem kostela park, který dnes slouží všem občanům. Ke kostelu byla dostavěna nová sakristie a v roce 2002 nové sociální zařízení. Na počátku roku 2003 proběhla rekonstrukce vitrážovaných oken.