Obec byla založena pravděpodobně ve 13. století. Uvádí se rok 1279, zmínky o Kokorách jsou však i starší. Až do roku 1492 byly v držení drobné šlechty - pánů Kokorských z Kokor. Po nich se stali majiteli Ludanicové a další šlechtické rody, jezuité, studijní fond a nakonec Eichhoffové, majitelé panství rokytnického. Na městečko byly Kokory povýšeny dekretem císaře Ferdinanda I. v roce 1535 za Ludaniců. Dekret garantoval výroční a další trhy, rozvoj řemesel, dal městečku do vínku pečeť a do erbu husí nohu odvozenou jako mluvící znak od erbu Ludaniců.

Začátek a průběh 18. století, kdy byly Kokory v majetku jezuitského řádu, v nich zanechal barokní památky. Je to především nově zrekonstruovaná kaple sv. Františka Xaverského z roku 1724, pocházející z dílny stavitelů jezuitského komplexu v Olomouci a pivovar z roku 1761, který dokladuje hospodářské podnikání jezuitů na Hané. Pivo se v Kokorách vařilo 150 let a jeho výroba byla napojena na produkci kvalitního sladu a chmele.

Kokory dnes charakterizuje čilý dopravní ruch - prochází jimi vysoce frekventovaná silnice z Přerova do Olomouce. Obec se vyznačuje podnikáním, pohostinskými službami, sportovními úspěchy, spolkovou činností a rozvinutým zemědělstvím. Zemědělské družstvo Kokory patří v současnosti k největším pěstitelům chmele na Moravě. Ve východní části obce je chatová oblast, v jejíž blízkosti se nachází rybníky s možností rybaření a les, který umožňuje krásné turistické vycházky.