Zhoř je prvně zmiňována v roce 1239, kdy náležela klášteru v nedalekých Kladrubech. Ke kladrubskému klášteru, později statku, náležela až do roku 1850. Kolem roku 1340 povolil markrabě Karel,Sulkovi z Prostiboře, aby v okolí Prostiboře a vsí Zhoř a Skapce otevřel doly na rudy. V berní rule je Zhoř uvedena jako největší a nejbohatší obcí kladrubska. Skládala se z 20 selských dvorů, sedláci vlastnili nejméně 32 strychů polí..

Ve středověku byla ještě  obec nepochybně česká, což dokumentuje název Zhorz, ostatně ještě Berní rula udává český název Ves Zhorš. Název byl však později poněmčen na Weshorsch. V roce 1939 měla obec 55 usedlostí obydlených 296 Němci a 3 Čechy. Obec byla založena kolem obdélné velkoryse pojaté návsi. Lidnatá ves vzkvétala především díky okolní úrodné půdě. Středem návsi pochází od pradávna komunikace spojující Stříbro respektive Kladruby s Horšovským Týnem. Postupem času při ní vznikaly drobné usedlosti a velká náves tak byla rozdělena na dva menší celky. V obci byly 4 rybníky.

Historici uvádějí, že jméno Zhoř je utvořeno od slova shořet. Jméno Zhoř připomíná, že jde o osadu, která vznikla na místě, kde půda k obdělávání byla získána pálením porostlin a celých lesů. Do roku 1945 byla obec osídlena Německými občany. Do té doby se jmenovala Weszhorsch. Po roce 1945 po skončení války se začala obec postupně osídlovat českými občany ustáleno české pojmenování  ZHOŘ