Cennou architektonickou památku a dominantu obce Cep představuje kostel sv. Jana Křtitele z let 1869-1871.

Má spíše podobu malého kostelíka, který je tvořen čtvercovou lodí a předsazenou hranolovou vstupní věží. Věž s hodinami je kryta jehlancovou střechou na vrcholu s křížem. Na hlavním oltáři se nacházejí pozdně gotické dřevořezby sv. Barbory a sv. Kateřiny, na bočním oltáři pak stejně stará dřevořezba sv. Augustina.

Kostel sv. Jana Křtitele v Cepu je součástí farnosti Suchdol nad Lužnicí, pravidelné bohoslužby se tu však nekonají.