Kostel sv. Alžběty se připomíná v roce 1359, kdy zdejší farář z vůle vrchnosti přešel ke kostelu sv. Michaela archanděla v (horní) Pěně. Pěnský farář šel do Číměře. Patronátní právo k blažejovské faře a ke zdejšímu kostelu uplatňovali jindřichohradečtí komturové z komendy Řádu německých rytířů (původně ve 12. století Řád bratří Německého domu bl. Panny Marie v Jeruzalémě, nyní lat. Ordo Equitum Teutonicorum). V roce 1416 držel Blažejov Sezema z Chotěmic. Zřejmě po husitských válkách připadl Blažejov k jindřichohradeckému panství. Zdejší fara zanikla v době třicetileté války a Blažejov byl farně spravován z Horní Pěny. Teprve v roce 1781 zde byl ustanoven lokální kaplan a v roce 1856 zřízena samostatná lokálie. Po té byl kostel v letech 1863 - 1864 rozšiřován a přestavěn v pseudorománském slohu.