První písemná zmínka o obci pochází z roku 1250. Černíkovice byly zbožím plaského kláštera, roku 1346 byly plaským opatem Jakubem postoupeny Machovi. V letech 1425 - 1430  vesnici zničilo husitské vojsko. Ve druhé polovině 15. stol. byla pustá ves v majetku světských pánů, po roce 1521 byla vrácena plaskému klášteru, který ji posléze opět zastavil. Kolem roku 1546 přešly Černíkovice do rukou Floriána Gryspeka. V majetku Gryspeků byla ves do roku 1623, kdy se stala opět majetkem plaského kláštera. K osamostatnění obce došlo v letech 1848 - 1850, kdy byl ustanoven obecní úřad. V roce 1880 byla v centrální části obce zvané " Na vršku" postavena kaplička.  Jejím patronem se stal svatý Prokop. Po roce 1990 došlo k její rekonstrukci a znovu vysvěcení. Kaplička je zařazena do seznamu kulturních památek. Pomník padlých vojínů nechal postavit ochotnický spolek " Kollár" s přispěním obce. Spolek Kollár byl založen 20.5.1923 a do doby svého zrušení, 14.3.1939, uvedl v obci i okolí 30 her. Slavnostního odhalení pomníku dne 26.5.1928 se zůčastnili všichni obyvatelé.

Až do roku 1989 spadaly Černíkovice pod správu střediskové obce Kožlany. Díky změně v politickém dění, po listopadu roku 1989, se do obce vrátila samospráva a obec opět začala rozhodovat sama za sebe. Jedním z rozhodnutí obecního zastupitelstva se po dohodě s občany stala výstavba víceúčelové budovy, jejíž stavba byla zahájena roku 1993 dle architektonického návrhu ing. arch. Václava Mastného. Slavnostní otevření se uskutečnilo dne 28. října 1997. V budově se nachází Obecní úřad, po čtyřiceti letech znovu otevřený hostinec a menší obchod. Suterénní místnosti pak nabízí variabilní využítí, zejména pro společenské příležitosti. I relativně malý počet obyvatel obce Černíkovice realizuje kulturně společenské události, které se již staly novodobou tradicí a mají své stálé místo nejen v životě obce samé, ale i v obcích širokého okolí.