Řeka Jihlava pramení na Vysočině v katastru obce Jihlávka, na svahu kopce Lísek, v nadmořské výšce 660 m. Od pramene se reka vydává k severu a pres obce Horní Cerekev, Batelov, Dolní Cerekev a Kostelec vtéká do metropole Vysočiny - Jihlavy. Odtud se řeka pozvolna stáčí k jihovýchodu, protéká obcemi Luka nad Jihlavou, Trebíč, Ivančice a Pohořelice. Svou pout končí v Novomlýnských nádržích, kde pod hladinou je ukryt původní soutok s řekou Dyjí. Tok řeky Jihlavy je 183,2 km dlouhý a její povodí má rozlohu 3.117 km2.