Jméno obce vzniklo od keře, který zde hojně rozkvétal narůžovělými květy. Klokočí už v roce 1235 náleželo k Doubravnickému újezdu a bylo majetkem kláštera. Poté přešlo přímo pod správu Pernštejnů. V roce 1415 upsal Lev z Náchoda 50 hřiven grošů Bernardovi z Klokočí a jeho dědicům. V roce 1487 byli zdejší obyvatelé zbaveni povinnosti konat hlásku na hradě Pernštejně. Zachovala se starobylá pečeť s nápisem „Klokočská rychta“.

Počátkem 19. století zde řádila cholera, její oběti byly pochovány pod vsí ve směru na Doubravník. Ještě v polovině 19. století se v okolí dobývala železná ruda pro štépánovské železárny (do roku 1863). Klokočí je od roku 1964 součástí Olší.

Na návsi stojí kaple z konce 19. století, u ní v parčíku mramorový kříž (1920) a pomník padlých s plaketami prezidentů Masaryka a Beneše. Plakety byly za války ukryty před Němci v kapli, v roce 1945 byly opět osazeny a pak přečkaly komunistickou snahu o jejich likvidaci.