První historická zmínka o obci pochází z roku 1237, kdy ves byla kladrubským klášterem směněna s Havlem Markvarticem. Roku 1310 byla v držení Budislava, syna Protivy z Rožmitálu. Roku 1347 se Čížkov dostal spolu s polovinou Rožmitálu do majetku pražského arcibiskupství. Pak byla ves majetkově rozdělena - jeden díl do vlastnictví Jana z Vítence a od roku 1558 do vlastnictví města Rokycany. Druhý díl získal Mauric Chanovský z Dlouhé Vsi, a ten svou část později prodal opět městu Rokycany, v jehož majetku byl Čížkov až do konce feudalismu. Dle berní ruly zde bylo 11 sedláků, 3 chalupníci a 5 zahradníků. Ze dvou statků vznikl v roce 1708 díky církvi poplužní dvůr zvaný Na podlesí. V polovině 18. století žilo v obci 19 hospodářů, krčmář, kovář, pastýř, a jedna židovská rodina. Roku 1788 je doloženo v Čížkově 55 domů, v roce 1838 již 71 domů s 480 obyvateli. V roce 1890 zde bylo 81 domů, 612 obyvatel, škola a pošta. V roce 1991 obývalo ves se sídlem obecního úřadu trvale 144 obyvatel ve 38 domech.