Současný kostel, zasvěcený sv. Kunhutě, byl postaven v letech 1783-84 na  místě, kde stával kostel, který vyhořel. Kostel byl opatřen jen rákosovým stropem a neměl věž. Kostelní zvony byly zavěšeny na zvonici vystavěné ze dvou zděných pilířů. Již v červnu roku 1890 však byl uzavřen pro špatný technický stav a bohoslužby byly po dva slouženy na sýpce vedle zámku.

V roce 1891 byla zahájena oprava kostela pod vedením stavitele Antonína Tebicha z Brna a architekta Josefa Chlebečka z Vídně. Kostel byl opatřen novou střechou a stropem a zároveň byla postavena nová věž. Dne 5. listopadu 1892 byl kostel vysvěcen brněnským biskupem dr. Františkem Bauerem.

Obraz svaté Kunhuty, patronky kostela, je zavěšen nad hlavním oltářem. Obraz v roce 1869 namaloval vídeňský malíř Karel Madiera. V kostele jsou i dva boční oltáře. Mariánský zdobí oltářní obraz Neposkvrněného početí Panny Marie od malíře Raaba, člena řádu jezuitů. Oltář svaté Anny pochází ze staré zrušené kaple Tovaryšstva Ježíšova, které mělo v Čejkovicích svoji rezidenci od roku 1620 až do zrušení řádu v roce 1773.

Čejkovický kostel je 36 m dlouhý, 13 m široký a jeho vnitřní výška je 19,2 m. Věž se čtyřmi zvony je vysoká 42 m a patří k nejvyšším v okolí.