Území města Sušice bylo dle archeologických nálezů osídleno již ve starší době kamenné. Další archeologické nálezy se datují do pozdní doby bronzové, z tohoto období pochází bronzový hrot kopí nalezený na sušickém náměstí. Z doby laténské pocházejí nálezy keltských zlatých mincí a z 11. století je slovanské kostrové pohřebiště, objevené při úpatí Svatoboru.

Město Sušice bylo původně pravěkou rýžovnickou osadou při obchodní cestě do Bavor. Její jméno značí suché místo uprostřed vodních toků Otavy a Roušarky. Osada byla založena patrně kolem roku 790, 1. písemné zmínky pocházejí až z roku 1233. Ve 12. století patřilo celé Sušicko bavorským hrabatům z Bogen. Český panovník Přemysl Otakar II. pravděpodobně již kolem roku 1257 vojensky obsadil celé Sušicko a někdy po roce 1260 začal budovat královské město, které se mu mělo stát oporou v tomto kraji. Toto období vývoje města bylo dovršeno vybudováním důkladného opevnění s dvojitým pásem hradeb a 3 branami za Jana Lucemburského.

Zdrojem bohatství sušických měšťanů byla zlatá rýžoviště a obchod s Bavorskem, který byl umožněn výhodnou polohou Sušice na obchodní Zlaté stezce, po níž se dovážela zejména sůl.

V husitství stála Sušice na straně táborského městského bratrstva. Velký hospodářský růst města nastal v 16. století, kdy Sušičtí obchodovali se sousedním Bavorskem se solí, obilím a sladem. Došlo k nákladným přestavbám domů a na sklonku století byla postavena uprostřed náměstí i nová renesanční radnice. Její renesanční vzhled byl však zničen požárem v roce 1707. Z tohoto období pochází také budova nynějšího muzea s mohutným atikovým štítem.

V 17. a 18. století město hodně trpělo válkami, požáry a protireformací, jíž měl napomáhat kapucínský klášter ve městě a poutní kaple na vrchu Stráži nad městem.

V 19. století nastává doba nového rozkvětu. V roce 1839 zde Vojtěch Scheinost zavedl výrobu fosforových zápalek a právě tato výroba proslavila Sušici po celém světě. Dále se zde rozvinul kožedělný průmysl a koncem 19. století těžba a zpracování vápence. Jestliže na počátku 19. století mělo město přes 3 tisíce obyvatel, na počátku 20 století zde žilo 6,5 tisíce obyvatel.

V dnešní době jsou v Sušici i nadále probíhá výroba zápalek v podniku Solo. Dalším významným podnikem je PAP, který vyrábí obalový materiál. Významně je zastoupen i potravinářský průmysl. Město je kulturním a hospodářským centrem jižní části klatovského okresu.