Na počátku historie bohdalického zámku stojí řád jezuitů, který koupil ves Bohdalice roku 1638. Tehdy tu byl statek a stará tvrz. Po roce 1700 jezuité přestavěli tvrz na svoji novou renesanční rezidenci. Byla vystavěna přízemní budova s místnostmi směrem do parku, zbytek přistavěli až další majitelé. Roku 1772 byl řád jezuitů zrušen a veškerý řádový majetek zestátněn.

Roku 1783 si zámek i s panstvím koupil rytíř Raimund Manner, šlechtic, který dosud žil na území nynějšího Rakouska a sloužil jako  císařský úředník ve Vídni. V Rakousku se  zabýval pěstováním ovocných stromů a zakládáním vinic. V tomto svém úsilí pokračoval i na svém novém panství. Přímo v Bohdalicích za zámkem založil ovocný sad a vinici. Zabýval se šlechtením různých plodin a chováním ovcí.

I když byli Mannerové pro bohdalické obyvatelstvo cizí (národností, jazykem i kulturou), snažili se zdejšímu obyvatelstvu vycházet vstříc a není známo, že by zdejší obyvateltvo utiskovali či se k němu špatně chovali.  Zejména v 19. století, podporovali kulturní a obrozenecký život obyvatelstva.

Rodu Mannerů patřil zámek v Bohdalicích až do roku 1945. Na základě rozhodnutí státu byl jejich majetek zkonfiskován. V zámku byla zřízena škola, která zde sídlí i dnes.

Krátce před bitvou u Slavkova, dne 29. 11. 1805, přenocoval v budově zámku ruský car Alexandr I. Pamětní deska k této události je umístěna vlevo od vchodu do budovy.