První zmínka o Janovicích nad Úhlavou, v latinských textech Janovicium, v německých Janowitz, pochází z roku 1290, kdy významný český rod Janovských z Janovic, zde postavil tvrz obehnanou vodním příkopem a pobýval zde přes tři století.

Od 14. století jsou Janovice nad Úhlavou městečkem.

Na počátku 16. století získal Janovice, na přechodnou dobu, loupežný rytíř Petr Suda z Řenče. Jeho loupežnické skutky sužovaly celé široké okolí. V roce 1520 oblehla a dobyla tvrz vojska města Klatov, Stříbra a Plzně. Tvrz byla vypálena a pobořena. Již nikdy nebyla obnovena. Místo toho byl Janovskými vybudován uzavřený hospodářský dvůr, všeobecně nazývaný "zámeček". Ten byl počátkem 20. století přebudován na lihovar. Dnes jsou tyto prostory opuštěné. Rod Janovských zanikl koncem 17. století. Tvrziště zakoupila obec a později na něm zřídila hřbitov. Ten byl zrušen v roce 1989. V minulosti Janovicemi nad Úhlavou procházela ve své době významná Výšinná cesta.

Město je rovněž historicky spjato s armádou. Místní kasárna, která patřila k největším a nejmodernějším v celé České republice, proslavili především „Černí baroni“ autora Miroslava Švandrlíka. Bohužel, tradice vojenského města skončila 15.10.2004, protože tvůrci reformy ozbrojených sil ČR rozhodli o ukončení činnosti janovické posádky.