První písemné zmínky o osadě pocházejí již z roku 1429.

Obec Hamry vznikla na obchodní stezce zvané Železná či Bavorská, která vedla přes sedlo Špičáku do Úhlavského údolí. Stala se sídlem jedné z největších Králováckých rychet. Obec se tehdy skládala z mnoha samostatných dvorců roztroušených podél řeky Úhlavy i vysoko pod hraničním hřebenem. Za rozvojem osady stojí zpracování železné rudy v oblasti. Svůj název obec dostala podle hamrů, které zde zpracovávaly železnou rudu těženou v okolí. Jeden z prvních hamrů na Šumavě byl zde založen v letech 1524-1535.

Vznikaly zde též sklářské hutě, brusírny skla a řada mlýnů s pilami, které zpracovávaly dřevo z neproniknutelného Královského hvozdu. Vlastní obec vznikla v roce 1850 o rozloze 3 530ha a měla 1225 převážně německy mluvící obyvatel. V polovině 18. století tu byla založena také sklárna. Roku 1869 firma Petzold zřídila v obci papíru, kde se probíhala výroba dřevoviny a dřevitého papíru. Ta pracovala ještě ve 2. polovině 60. let 20. století, kdy byla zrušena.

Nejvíce obyvatel dosáhla před druhou světovou válkou 1450, nejméně v roce 1980 pouze 102 obyvatel. Hamry po roce 1945 málem potkal osud řady obcí, které úplně zanikly. Po řadě usedlostí zbyly jen základy nebo ovocné stromy. Obec byla socialismu sice přístupná, ale část Hamrů ležela v hraničním pásmu a každé projíždějící auto bylo kontrolováno pohraničníky. Z názvu nedaleké železniční stanice Hamry-Hojsova Stráž bylo dokonce slovo Hamry vyškrtnuto. Dnes už je vše naštěstí zase při starém.

V současné době obec díky své skvělé poloze v malebné přírodě a nefalšovanou romantikou láká stále více turistů. I když tu trvale žije jen 130 obyvatel, jsou tu restaurace a penziony.

Místní občané jsou hrdí zejména na to, že v obci se díky peněžním darům německých starousedlíků podařilo zrekonstruovat kostel Panny Marie Bolestné, který byl před pádem železné opony v žalostném stavu.

Obec je členem mikroregionu Úhlava, přeshraničního akčního sdružení Královský hvozd, Regionálního sdružení Šumava, Mikroregionu Šumava – západ, občanského sdružení Královský hvozd.

Obec 3 12. 2004 obdržela od předsedy Poslanecké sněmovny pana Zaorálka dekret o přidělení znaku a vlajky obce, které bylo na návrh obce uděleno pod výborem PS pro heraldiku 11. 11. 2004.