První písemná zmínka o Černíkovu pochází z roku 1379. V Berním rejstříku Plzeňského kraje je uvedeno v latině crnikonis, pincernae imperatricis. Hovoří se tu o Černíkovi, číšníkovi české královny Johany Bavorské, manželky Václava IV., po kterém ves, jejíž část vlastnil, byla údajně pojmenována. V dokumentech z následujících let se uvádějí další podoby názvu vsi: Czrnyekow, Czarnykow, Czernykow. Ze 16. století je doložen lidový název Černejkov. V nejstarších dobách tu zřejmě vznikla tvrz, lokalizovaná dnes na mírně vyvýšené místo u rybníka, kde stával údajně také panský pivovar. Ze spoře dochovaných pramenů zachycujících nejstarší historii se dovídáme, že v roce 1379 držel druhou část vsi Dluhomil. Na počátku 15. století, v roce 1410, patřila část vsi k Novému Herštejnu a také Čeněk, zeman sedící na zdejší tvrzi, podléhal pánům Herštejnským. Dalším z pramenů známým držitelem Černíkova byl Jetřich z Čiremperka. Jeho přídomek bude s největší pravděpodobností určitou formou našeho Černíkova. Už ve druhé polovině 15. století jsme svědky další změny, Černíkov a sousední Úsilov získali bratři Výrkové z Rýzmberka. V této neklidné době byly vedeny četné pohraniční boje s bavorskými šlechtici a tehdy značně utrpěl také Černíkov. Po těchto událostech se stala ves součástí zboží Švihovského. Další transakce je doložena z roku 1519, kdy “na den sv. Františka prodal Jindřich z Ryžemberka a ze Švihova v Černejkově tvrz, dvůr poplužní s poplužím a ves celou, Babice ves pustou.....Mikuláši Nebílovskému z Drahobuze za 725 kop míšeňských. Celý vyjmenovaný majetek pak přešel k Poleňskému panství, v té době tvrz zchátrala a v roce 1592 už jako pustá byla připojena k Ježovu a s ním v 18. století získali Černíkov Černínové z Chudenic. Původně patřili Černíkovští farností do Úboče, tam také odváděli desátek. Ten pak platili úbočskému faráři i později, v 18. století, kdy byli přifařeni do Poleně.