Obec Rapotín leží na severní Moravě, v údolí řeky Desné, severovýchodně od okresního města Šumperk. Na severu je lemována malebným pohořím Jeseníku.

Osm kilometrů dlouhá obec se rozkládá od města Šumperka až po Losinský zámek. Na východní straně ji od obce Vikýřovice a Petrova nad Desnou odděluje řeka Desná a na západní straně kopcovitý terén Hanušovické vrchoviny s kopci Městské skály s nadmořskou výškou 675m a Bukový kopec 641m. Střední nadmořská výška obce je 345 m. Do řeky Desné se zleva vlévá řeka Merta, zprava Losinka a Rejchartický potok. Obec Rapotín protíná státní silnice směřující do města Ostrava a města Jeseník.