Stanice se nachází ve středu obce asi 800 m od hlavní komunikace. Její součástí je vlečka do průmyslového závodu a kusá odstavná kolej končící v hustém porostu na kyjovském zhlaví.
Stanice Svatobořice byla součástí jednokolejné železniční trati č.257 Kyjov - Mutěnice (Mutěnka). Tato trať dlouhá 15,894 km s maximálním sklonem 10 promile byla v dubnu 2009 úředně zrušena.