V železniční stanici se sbíhají tratě ze tří stran: trať č. 241 Okříšky - Znojmo, trať č. 246 Břeclav - Znojmo a mezistátní trať č. 248 Retz - Znojmo. Stanice je zapojena do Integračního dopravního systému Jihomoravského kraje, takže je možné pokračovat v cestě navazujícími autobusovými linkami. Autobusové nádraží je v těsném sousedství stanice.
   Železniční stanice Znojmo zajišťuje odbavení cestujících ve vnitrostátní i mezinárodní přepravě a to včetně rezervačních dokladů (místenky, lehátka, lůžka).
   Budova stanice je bezbariérově přístupná včetně označené pokladní přepážky. Nástupiště nejsou bezbariérově přístupná. Stanice je vybavena mobilní zvedací plošinou. Ve vybavení jsou i vodící linie, majáčky a štítky na zábradlí pro zrakově postižené cestující.
   V nádražní budově je pro cestující k dispozici čekárna, restaurace, WC, úschovna zavazadel i úschovna a půjčovna jízdních kol.